苗期发病一般是心叶基部出现褪绿黄白斑，后扩展成与叶脉平行的黄色条纹，条纹问仍保持绿色。不同品种表现不一，糯、粳稻和高秆籼稻心叶黄白、柔软、卷曲下垂呈枯心状。矮秆籼稻不呈枯心状，出现黄绿相问条纹，分蘖减少，病株提早枯死。条纹叶枯病引起的枯心苗与三化螟为害造成的枯心苗相似，但无蛀孔和虫粪，不易拔起，也有别于蝼蛄为害造成的枯心苗。
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