1、淤泥的沉积使池塘变浅，使池塘有效养殖水体减少，产量下降。
    2、增加耗氧量，易造成池水缺氧，引起鱼浮头。因为淤泥中含有大量的有机物质，在养殖过程中有机物质进行氧化分解需消耗大量的氧气，造成底部缺氧，继而造成池水缺氧，引起池鱼浮头，经常浮头就会影响鱼的生长，浮头严重时会导致“泛塘”，引起死鱼事故的发生。
    3、产生有害物质。由于底部缺氧，有机物质进行厌氧分解就会产生大量的有害物质，如氨、硫化氢、亚硝酸盐、甲烷气体等，轻则使鱼食欲下降，饵料系数增加，抗病力减弱，重则直接引起鱼的中毒，甚至引发死亡。
    4、病害频发。由于淤泥中存在大量的寄生虫和致病生物，条件适宜时大量孽生繁殖，极易引起鱼病暴发，造成较大损失。近年来许多养殖池鱼病的暴发、流行，应该说与池底淤泥太多有直接的关系。 
    5、由于淤泥中有机质较多，有害物质也多，在养殖中极易引起水质污染，或引起鱼病，这样就会反复用药，久而久之，就会影响鱼的品质，不利于走无公害健康养殖发展之路。