肥料对土壤的污染主要有化学污染、生物污染和物理污染。    　　
    1、化学污染。肥料的化学污染主要是化学肥料污染，而化学肥料对土壤的污染主要是磷肥污染，因为磷肥的原料磷矿石往往含有一些有毒物质如砷、镉、铬、氟、钯等，其中以可致癌的镉毒性最强。  　　
    2、生物污染。生物污染主要是施用未经无害化处理的有机肥引起的。垃圾、粪便、植物残体中微生物种类很多，其中不少含有对人体和植物有害的病源体，它们最终以肥料的形式进入土壤。有的与作物接触使其感染病害，有的附着于作物，尤其是附着在蔬菜上，进入厨房，危害人体健康。 　　
    3、物理污染。未经处理的有机肥料，常混有塑料袋、煤渣、碎玻璃、建筑垃圾、旧金属等，大量施入土壤后将降低土壤保水保肥能力，影响土壤水分运动，妨碍植物根系生长。