棉花苗期病虫害是制约棉田壮苗早发的重要因素。苗期病害主要有根病和叶病两大类。虫害主要有棉蚜、蓟马、地老虎、红蜘蛛盲椿象等。
    棉花苗期根病：以立枯病和炭疽病为主，多雨年份，猝倒病也比较重；叶病主要是轮纹斑病。苗期病害是由多种病原菌复合侵染造成的并发性病害，有时候从症状上很难区别是叶病还是根病。一般以出第一片真叶时最易得病，而发病的环境条件，是低温高湿。生产中棉花苗期病害要以防为主，首先要通过及时中耕、间苗、定苗等管理，改善棉苗生长条件，使棉苗生长健壮，增强棉苗的抗、耐病能力；其次，在低温寒流来临之前喷雾杀菌剂进行防治。可选用50%多菌灵500-800倍液或70％甲基托布津800-1000倍液或15％三唑酮可湿性粉剂800-1000倍液喷洒，间隔1周喷1次，共喷2-3次。
    棉花苗期虫害：苗期害虫主要有红蜘蛛、棉蚜、地老虎等，可用50％抗蚜威可湿性粉剂1000倍液或用4.5％高效氯氰菊酯乳油1000倍液加10％吡虫啉1000倍液喷雾。兼治盲蝽象、棉蓟马、玉米螟；如有地老虎，可配制毒饵防治，用50%的辛硫磷50克对水1公斤喷拌在5公斤炒香的麦麸或碎棉籽饼上,制成毒饵,傍晚顺垄撒施，或用50％辛硫磷1500倍液喷雾防治。