小麦全蚀病的防治应以农业措施为基础，充分利用生物、化学的防治手段达到保护无病区，控制初发病区，治理老病区的目的。 
　　1.保护无病区　无病区严禁从病区调运种子，不用病区麦秸作包装材料外运。从病区调进种子要严格检验，播前用0.1%甲基硫菌灵浸种10分钟，杀死种子表面的病原菌。 
　　2.合理轮作　重病区轮作倒茬可控制全蚀病危害，零星病区轮作可延缓病害扩展蔓延。轮作应因地制宜，坚持1－2年与非寄主作物轮作一次，如花生、烟草、蕃茄、甜菜、蓖麻、绿肥等。 
　　3.平衡施肥　增施有机底肥，提高土壤有机质含量，每公顷施用腐熟有机肥10万kg左右。无机肥施用应注意氮、磷、钾的配比，土壤速效磷达0.06%、全氮含量0.07%、有机质含量1%以上，全蚀病发展缓慢；速效磷含量低于0.01%发病重。 
　　4.生物防治　对全蚀病衰退的麦田或即将衰退的麦田，要推行小麦两作或小麦玉米一年两熟制，以维持土壤颉抗菌的防病作用。美国用荧光假单胞菌防治全蚀病，大田增产30%，但效果不够稳定。中国农业科学院开发的生防菌，山东农科院开发的生防菌剂“蚀敌”、“消蚀灵”均有防效。 
　　5.药剂防治　用12%三唑醇WP按种子重量0.02－0.03%拌种(a.i)，防病效果均好。