一、苗期病害。棉花苗期病害主要有：立枯病、炭疽病、枯萎病等，持续阴雨多湿条件下利于发病，重茬地发病较重。
1、农业措施：可采用早中耕松土，发病初期扒土晒根等措施减轻病害发生。重病田可适当晚定苗，结合间定苗去掉病苗并带出田外，减少压低病源。
2、药剂防治：可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液灌根或75%甲基硫菌灵可湿性粉剂800～1000倍液、70%代森锰锌1000倍液、30%恶霉灵1000倍液或咪鲜胺等杀菌剂喷雾防治，每7天喷一次，连喷2-3次。施药时配合叶面肥如喷0.2%磷酸二氢钾溶液和1%尿素化肥水或生物叶面肥，既防病又壮苗。
二、苗期虫害：
1、蚜虫 当苗蚜卷叶株率在10%以上或在定苗后卷叶株率在3%以上时，及时用40%氧化乐果100倍液滴心或喷5%啶虫脒或用10%的吡虫啉1000倍液喷雾防治。注意喷均打透，提高防治效果。
2、地老虎：在幼虫三龄之前，可以顺棉垄撒毒土防治，还可以在棉田隔行撒鲜草毒饵进行诱杀。
3、蓟马：蓟马是近年常发虫害，各地要做好防治蓟马虫的准备。防治的重点在靠近村庄，葱、蒜地的棉田。可采用50%高效氯氰菊酯与啶虫脒混配或用20%丁硫克百威1500～2000倍液等药剂喷雾防治。
4、盲蝽蟓 ：棉田一代盲蝽蟓常年在五月中旬发生危害，特别是果棉、蔬棉间作田和插花种植区域发生较早。今年由于旱春气温较低发生危害期可能推迟偏晚。当危害株率达10%或百株有成、若虫5～10头，及时用药防治。喷药时间要选在上午十点左右，下午五点左右。喷药时在整田由外向里喷，对单株要上下喷均打透。可选用毒死蜱、氧乐果、丙溴磷、菊酯类农药等合理混配交替用药。
5、红蜘蛛：是棉田常发害虫，如果棉田长时间干旱有利于发生，当螨株率达到5%时，及时施药防治。可选用15％哒螨酮1500倍＋1.8％阿维菌素2000倍混合液，也可用氧乐果、哒螨灵与阿维菌素混配喷施喷药时注重叶子背面，要喷严打透。
