引起香菇菌丝或子实体病变的直接原因称为病因。病因可分为侵染性病害和非侵染性病害,非浸染性病害是属于环境因子造成的,是非生物的生理病害;侵染性病害是由各种病源生物侵害造成的,病源生物包括各种真菌、细菌、病毒和线虫等。侵染性病害具有传染性,对香菇的菌丝或子实体产生竞争养分或毒害作用,有些侵害的生物既能竞争养分又能排出毒素引起毒害作用。常见的病虫害有菌丝培养阶段的竞争性杂菌,如菌袋感染链孢酶、青霉、黄曲霉、木酶等;菌丝或鲜子实体受到白蚁、线虫、蛞蝓,干菇储藏期的谷蛾、谷盗等侵害。