在食用菌产业化大生产这个链条中，食用菌的保鲜加工是一重要组织环节，既是生产、流通、消费中不可缺的环节，又是为食用菌产业化提供扩大再生产和增加效益的基础。 
    1.食用菌一经采收，须整齐排放在小型矮容器内，并尽快送往低温车间进行整理。新鲜的食用菌从采摘到运送到加工车间不应超过6小时。先将食用菌根部削净，去掉泥土，培养料等杂物，进厂后还应对食用菌进行定期的金黄色葡萄球菌检验。 
    2.对经过漂洗、冷却后的食用菌进行切片、灌装，此时加入的配汤中可加入适量的维生素C或柠檬酸。在生产过程中严禁添加保鲜剂、防腐剂和着色剂。食用菌包装容器应密封完好，无泄露现象存在，容器外表无锈蚀，内壁涂料无脱落，具有食用菌罐头食品正常色泽、气味、无异味、无杂质，包装材料必须符合国家有关卫生要求。 
    3.在贮存和运输过程中，不得与有毒有害物品混装、混运。运输过程中需要有避风、干燥、防震、防晒、防雨淋、防灰尘的措施。在整个食用菌加工过程中要严格控制半成品、操作工具的细菌数，工作人员的工作服及手套要始终保持卫生标准，设备每天生产完毕后还要进行消毒。