防治水稻烂秧的关键是抓育苗技术，改善环境条件，增强抗病力。必要时加以药剂防治。
（1）改进育秧方式。
因地制宜地采用旱育秧稀植技术或采用薄膜覆盖或温室蒸气育秧，露地育秧应在湿润育秧基础上加以改进。
（2）精选种子。
选成熟度好、纯度高且干净种子，浸种前晒种。
（3）抓好浸种催芽关。
浸种要浸透，以胚部膨大突起，谷壳呈半透明状，达过谷壳隐约可见月夏白和胚为准，但不能浸种过长。催芽要做到高温（36—38℃）露白、适温（28—32℃）催根、淋水长芽、低温炼苗。
（4）提高播种质量。
根据品种特殊性，确定播期、播种量和苗龄。日均气温稳定通过12℃时方可播于露地育秧，均匀播种，根据天气预报使播后有3—5个晴天，有利于谷芽转青来调整浸种催芽时间。播种以谷陷半粒为宜，播后撒灰，保温保湿有利于扎根竖芽。
（5）加强水肥管理。
芽期以扎根立苗为主，保持畦面湿润，不能过早上水，遇霜冻短时灌水护芽。
（6）药剂防治。
旱育秧、水育秧和塑料软盘育秧，播种后每平方米用绿亨1号1—1.5克，或绿亨1号0.5克加绿亨2号3—4克，与过筛的湿润细土10—20千克充分掺匀，均匀撒于播种后的秧田或育秧盘上作盖土。
