一是包衣棉种育苗苗床土壤是否还要消毒？现在我国棉花生产选用的种子，大多数为毛棉籽经过泡沫酸脱绒后再用包衣剂处理的棉种，简称包衣棉种，包衣剂中的药物可杀死依附在棉籽上的病菌，但土壤中潜伏的各类土传病菌还得施用杀菌剂进行杀灭或抑制，如果忽视这个环节，哪怕出得很好的棉苗也可能感染立枯病、炭疽病、茎枯病等苗期病害，因此，整办棉花营养钵苗床时，对苗床土壤仍应施药防病，可选用的药剂很多，如25%多菌灵1200-1500倍液，2．5%适乐时种衣剂500倍液，25%欣秀（丙环唑）乳油5毫升、60%百泰水分散粒剂8克分别兑清水30斤，在做钵之前于苗床土壤喷施，使其药液将钵土全都渗透。棉苗出齐之后，还要及时喷药防止外来病菌的入侵。可喷的药剂如1∶2∶200波尔多液或0.01%保靓等。　　 
    二是棉花营养钵苗床上可否施用除草剂？棉花营养钵育苗常遇到草害问题，有时杂草还会造成草荒苗，严重抑制棉苗生长发育。苗床上草荒严重往往是两种原因引起的，一是新选址的苗床，来不及翻耕炕土，杂草未经冬凌、春晒、锄净，留下残余杂草繁殖的；二是施用农家肥料，施入了未彻底腐熟的肥料，杂草的籽被带入苗床，快速繁殖。因此，要在棉花播种后出苗前施用除草剂，一可选用48%拉索乳油每亩150-200毫升，或72%都尔乳油每亩150毫升，分别兑清水60-80斤喷施，二可选用23%床草净乳油，每亩100-120毫升兑水80斤喷施，能有效防止杂草危害。