一、使用无病种苗
使用无病种子、苗木和其他繁殖材料可以有效的预防病害传播和压低初侵染源。可从以下三个方面保障种苗的健康，一是建立无病留种田；二是在播种前对种子做一定的处理，如晒种、水选、消毒、使用种衣剂等，可清除附着于表面或存活于内部的病原物；三是苗木无病毒化，其是防止病毒类病害的重要途径，如香蕉、罗汉果采用组培的方式培育无病毒苗。
二、调整耕作制度
合理调整和改进耕作制度，对农田生态系统会有很大的影响。
（1）合理布局
从有害生物的角度出发，要坚持以下两点。一是具有同一类有害生物的不同作物或受害敏感期不一致的同一种作物不能连片，甚至不能在有害生物有效传播或迁飞扩散范围内布局，如梨小食心虫均可危害梨树和桃树，两者不适宜混栽或邻栽；同一片区域的水稻生育期不同，害虫的取食期拉长，危害往往会加重。二是具有不同的有害生物种类，但有害生物却有共同天敌的作物种类，或是因一种作物的分泌物、根际微生物、遮蔽等影响而有利于减少另一种作物病虫害的发生，可以连片种植或间隔种植，如油菜、小麦等有不同种的蚜虫，而蚜虫却有共同的天敌；十字花科蔬菜间种莴苣、西红柿或薄荷等含有生物碱、挥发油或其他化学物质的作物，能驱避菜粉蝶；因为玉米的遮阴作用，辣椒日灼病和病毒病比单作田减少72％。
（2）合理轮作
轮作是在同一块田地上，有顺序的轮换种植不同的作物或不同复种方式的种植方式。但有些病害需要长期轮作才能达到效果，通过水旱轮作可以改变生态环境，使一些害虫丧失繁衍的条件，缩短轮作周期，达到防治病虫草害的目的，如番茄-水稻的水旱轮作可以在短期内在一定程度上防治番茄青枯病。
三、改良土地
搞好土壤改良、深耕、细耙、精细整地等措施，可以改变土壤的理化性质，也会改变某些有害生物的栖息和生存条件。如许多昆虫冬季在土壤中越冬，深耕可破坏越冬场所，或将其翻至土表利于天敌捕杀。
四、科学施肥，合理灌溉
科学施肥、合理灌溉不仅能调节土壤水分、提高土壤费力，促进作物正常生长发育，还能增强作物的抗病虫能力，提高病虫危害的补偿能力。如未腐熟的有机肥易招致金龟子和种蝇产卵；昆虫在土壤中化蛹期可灌溉灭蛹；施肥、及时灌溉能促进作物生长，提高抗逆能力。
五、加强栽培管理
科学的栽培主要包括适时播种，合理密植等。对于播期范围较大、受病虫为害期较短的作物或食性专一且为害期短的昆虫，可通过调节播期，避开病虫为害盛期，减轻危害。如广西田阳县的番茄适当推迟种植，可减轻青枯病的为害。
种植密度对田间温湿度，通风透光等小气候不仅对作物生长发育有重要影响，而且能影响病虫杂草的发生与危害。如过度密植，生长茂密，田间通风透光差、湿度高，这不仅使作物生长嫩弱，而且更利于病虫草害的发生和蔓延。水稻过于密植，纹枯病则严重。
五、保持田园卫生
田园卫生措施主要包括以下三点。一是在作物种植前，清洗、消毒将使用的农用工具，清除遗留田间的病株残体等。二是作物生长过程中，应该及时的拔出或砍除田间有害的植株，摘除病叶，消灭发病中心，这样能有效的遏制病毒的传染和流行。特别是以气体为主要传播源的病菌。三是作物收获后，应该彻底的清除病株，残株，集体处理。果树落叶后要及时清园。
六、抗性品种的利用
植物对病虫产生的损害具有避免或恢复的能力的特性，称为植物抗病、抗虫性。选育和推广抗病虫的高质、优质农作物品种，不仅是保障农作丰收的基础措施，也是控制病虫危害最经济有效的方法，目前受到越来越多农业工作者和农民的重视。但是在选用抗病虫品种时，不仅要做到种植上的合理布局，也要加强品种抗性检测，建立健全的良种繁育体系，不断选育抗病虫良种，以满足农业生产发展和产量提高的要求。
