一、生物肥必须选用质量合格的，质量低劣、过期的不能使用，菌肥必须保存在低温、阴凉、通风、避光处，以免失效。
二、为尽量减少微生物死亡，施用过程中应避免阳光直射，拌种时加水要适量，使种子完全吸附。拌种后要及时播种、覆土，且不可与农药、化肥混合使用。
三、一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
四、微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动。因此必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
五、生物肥料中的微生物大多是好气性的，因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
六、微生物活动消耗需要能量。有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料。
七、微生物生长需要多种养分。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。
