生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料（抗生菌类）、真菌类肥料（如菌根真菌类）、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，生物肥料可分为5大类：　　

    1.有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等。　　

    2.分解土壤有机物的菌肥。包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。　　

    3. 分解土壤中难容矿物的菌肥。包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料。　　

    4.促进作物对土壤养分利用的菌肥。包括菌根军肥料等。　　

    5.抗病及刺激作物生长的菌肥。包括抗生菌肥、增产菌肥等。